Se dice que el ganado de granja fue traído a Japón alrededor del 400 A.C. Se conservan rollos de pinturas del período Heian (794-1185) que muestran sólidos y decorados carruajes tirados por bueyes que eran utilizados por los nobles.
Con el paso de los años, el ganado se mejoró para usos de granja y la gente comenzó eventualmente a comer carne después del período Meiji (1868), por lo que la mejora de las razas se llevo a cabo de manera activa en distintos lugares. Esto tuvo como resultado la producción estable y la mejora del Wagyu japonés, que posibilitó una alta calidad de carne. Tras el continuo esfuerzo por obtener una crianza y raza excelente, el Wagyu ha alcanzado los niveles más altos del mundo.
Desde 1968 la evaluación de los campos ha sido llevada a cabo en cada centro de inspección regional de ganado para seleccionar terneras con base en su eficiencia alimenticia y su capacidad de crecimiento. También se han llevado a cabo evaluaciones de su progenie por una selección de terneras macho para después revisar su ganancia diaria y la calidad de su carne antes de escoger al animal candidato para la evaluación de desempeño. Varias regiones han llevado a cabo grandes esfuerzos para conseguir alta calidad de Wagyu y esto, a su vez, ha permitido un aprendizaje mutuo que se refleja en la carne que se encuentra actualmente disponible en el mercado con la respectiva marca de cada zona.
A día de hoy existe una raza de ganado con una fibra muscular fina y excelente marmoleado que se dice es el origen del Wagyu moderno y aún mantiene su renombre como un monumento natural en una isla de la prefectura Yamaguchi.